Le CMMC a veillé, dans la définition des axes qui suivent, à maintenir la tradition d’une participation souple de ses chercheurs à plusieurs d’entre eux, et à affirmer fortement son appellation de Centre de la Méditerranée Moderne et Contemporaine. En s’appuyant sur ses forces, ses compétences et ses centres d’intérêts, le CMMC a choisi d’orienter ses recherches d’une part sur les concepts d’espaces, de territoires, de circulations et de représentations en Méditerranée et d’autre part sur la géopolitique, la guerre et les questions de dominations dans un champ tout autant méditerranéen, européen que mondial. Le programme de recherches s’inscrit donc dans la continuité de ce qui a été entrepris tout en se réorientant vers des aspects et des éléments qui sont apparus comme les plus novateurs.
Avec un souci marqué de comparatisme international et d’inscription dans une histoire à la fois sociale, économique, politique et culturelle, les problématiques ont été construites autour de deux axes:
axe1 : Repenser la Méditerranée
axe2 : La Méditerranée, l’Europe et le Monde
Le Centre par ailleurs bénéficie d’un nombre important de programmes financés.